Η πρώτη φάση της περιοδοντικής θεραπείας είναι η ριζική απόξεση (καθαρισμός των επιφανειών των δοντιών και των ριζών τους).
Το στόμα συνήθως χωρίζεται σε 4 τμήματα (τεταρτημόρια) και πραγματοποιούνται 4 με 6 συνεδρίες. Πρόκειται για μια ανώδυνη διαδικασία, καθώς σε κάθε συνεδρία χορηγείται τοπική αναισθησία στην περιοχή.
Ο καθαρισμός κάτω από την περιοχή των ούλων γίνεται με τη βοήθεια συσκευής υπερήχων και ειδικών εργαλείων (ξέστρα, σοδοβολή, laser).
Με την ολοκλήρωση της θεραπείας, γίνεται ένας επανέλεγχος μετά από 6-8 εβδομάδες για αν αξιολογηθεί αν η κατάσταση των ούλων έχει σταθεροποιηθεί και αν χρειάζονται επιπλέον χειρισμοί.